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如果硬件方面區(qū)別不大，則軟件就成為判定全自動酶標(biāo)儀優(yōu)劣的惟一指標(biāo)。對于用戶來說，好的軟件功能，對實(shí)際工作會有較大的幫助。ELISA定性測定，酶標(biāo)儀如具有陽性判斷值(cut-off)及其測定“灰區(qū)”(即指測定吸光度處于cut-off周圍的一定區(qū)域，此區(qū)域內(nèi)結(jié)果應(yīng)為“可疑”)的統(tǒng)計計算功能，不但方便了實(shí)驗室工作人員，而且在某些特定的情況下，有很高的實(shí)用價值。

如血站實(shí)驗室為篩檢獻(xiàn)血員血進(jìn)行HBsAg、抗HCV和抗HIV等的ELISA測定時，常會遇到測定吸光度處于cut-off附近但又低于cut-off的血，按照試劑盒的標(biāo)準(zhǔn)，可判為陰性，血為合格血，可用于患者輸血，但直覺告訴我們，這樣的血如輸給患者，導(dǎo)致輸血后相應(yīng)疾病發(fā)生的可能性較大，這是由ELISA現(xiàn)有的測定技術(shù)的不確定性所造成的，也就是ELISA測定的“灰區(qū)”的存在使得ELISA測定試劑盒cut-off的設(shè)定只是相對的準(zhǔn)確，此時的假陽性和假陰性出現(xiàn)的可能性較低。

因此，在血站篩檢獻(xiàn)血員血時，如以測定“灰區(qū)”的下限作為判斷獻(xiàn)血員血篩檢不合格標(biāo)準(zhǔn)，就可以避免因“灰區(qū)”所致結(jié)果判斷錯誤而引起輸血后疾病發(fā)生的可能性。全自動酶標(biāo)儀合適的軟件功能對于ELISA定量測定同樣很重要。有研究表明，四參數(shù)方程能較好地反映免疫測定的劑量反應(yīng)曲線，為適合于定量酶免疫測定的曲線擬合。因此，如目的是定量測定，則在酶標(biāo)儀的軟件功能中，要有這種曲線回歸方程計算分析功能。其他諸如連點(diǎn)、直線等回歸計算，則可根據(jù)全自動酶標(biāo)儀的應(yīng)用目的而定，如兼用于微量生化測定，則此類回歸計算就很有必要。